نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها در سال 1372 با تاکیدات رهبر حکیم انقلاب شکل گرفت.
این نهاد، نهادی علمی، دینی، فرهنگی و انقلابی است که در راستای رشد ارزشهای اخلاقی و معنوی و ارتقای بینش فرهنگی و سیاسی دانشگاهیان تلاش می نماید.
نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی نیز به عنوان عضوی از خانواده بزرگ نهاد در تلاش است با راهبری فرهنگی و فکری به اهداف عالی این نهاد انقلابی دست یابد، از این رو این دفتر با راهبرد اصلی هدایت، حمایت و نظارت به ایفای نقش در این امر مهم می پردازد.
از مهمترین اقدامات این دفتر برای دانشجویان در سالهای اخیر می توان به برگزاری نشست ها و کارگاه های مهارتی، برپایی نمازهای جماعت، برگزاری مراسم در مناسبت ها، برگزاری مسابقات علمی و فرهنگی، سخنرانی های علمی و معرفتی، برنامه های قرآنی و برگزاری چندین دوره‌ی مهارتی ویژه تشکل ها و فعالان فرهنگی در دانشگاه، همچون طرح های ضیافت اندیشه و ضیافت رضوی اشاره کرد.
همچنین پس از صدور بیانیه گام دوم انقلاب از سوی رهبر فرزانه انقلاب این دفتر با برگزاری جلسات مختلف با مشارکت گروه های فعال در دانشگاه توانسته است به تبیین این بیانیه مهم بپردازد، در همین راستا با همراهی تشکل ها و کانون های دانشگاهی با تشکیل قرارگاه بیانیه گام دوم انقلاب در دانشگاه به گفتمان سازی این امر پرداخته است.